全质粒测序结果核对
拖入测序公司发回的结果和你的质粒图谱，一个订单的所有样品一次核对完。
全质粒纳米孔测序返回的是一条组装好的环状一致序列，而比对本身就有三个麻烦：组装从任意位置开环，一半情况下给的是反向互补链，同聚物里的 1 bp 插入或缺失既是最常见的测序伪差，也正是真实移码突变的样子。把你的质粒图谱（SnapGene .dna 或 GenBank）和测序公司发回的结果——整个订单的结果 .zip，或者单个一致序列 FASTA——拖进来，每个样品都会自动校正旋转和方向，在你的图谱坐标上列出每个差异，并说明它对蛋白的影响。测序服务商公布的两类纳米孔已知错误——长度超过 9 的同聚物和 Dam / Dcm 甲基化位点——会单独标出，提醒你先用 Sanger 确认；组装成二聚体或三聚体的一致序列会被识别出来，按单个拷贝比对。
工具界面目前为英文：拖入文件或粘贴序列即可，结果中的数字与图表和英文版完全相同。
0 bp. An annotated record is what turns a position into “silent in AmpR” or “a stop at codon 41”.
0 bp
使用步骤
- 1拖入你的质粒图谱（.dna 或 .gb），或粘贴序列。
- 2拖入测序公司发回的结果 .zip，或单个一致序列 FASTA / GenBank。
- 3一个订单有多个样品时，表格中每个样品一行结论；点开查看每个差异。
常见问题
一致序列和我的图谱起点不一样，有关系吗？
没有关系。组装软件从任意位置开环，两条序列几乎从不按原样对齐。本页会自动找到旋转位置，必要时取反向互补，并告诉你移动了多少。
哪些差异需要用 Sanger 再确认？
标为 “known nanopore error context” 的差异：位于长度 10 以上的同聚物中，或位于 E. coli Dam（GATC）/ Dcm（CCWGG）甲基化位点上。这是测序服务商自己公布的两类纳米孔错误模式，在重新挑克隆或丢弃之前，先用一条 Sanger 读段确认。
更多中文入口见 SeqBench 中文。